然而，這樣的賞賜卻令阿睦爾撒納感到非常不滿，這是因為阿睦爾撒納認為，他本來就應該是整個準噶爾汗國的首領，但清朝卻只給了他四分之一。
因而心高氣傲的阿睦爾撒納就漸漸生出了反叛的心思，隨后，在清軍取得第一次勝利之后沒多久， 阿睦爾撒納便發動了叛亂。
在這樣的情況下，為了能夠平息阿睦爾撒納的叛亂，清軍重新集結起來，再次在準噶爾地區用兵。
在這次用兵中， 為了能夠盡快的消滅阿睦爾撒納，清朝便選擇結交那些準噶爾貴族，并向這些準噶爾貴族保證，此戰只針對阿睦爾撒納一人，其他準噶爾人將得到善待。
最終，在清朝強大的軍事實力面前，阿睦爾撒納難以抵抗，很快就被清軍打敗，并逃亡了哈薩克汗國。
不過，清軍并沒有打算放過阿睦爾撒納，他們繼續進攻來到了哈薩克汗國的邊境，并要求哈薩克汗國交出阿睦爾撒納。
然而就在這個時候，在清軍后方的一位蒙古部落首領發生了叛亂，這使得清軍不得不放棄追剿阿睦爾撒納的任務，轉而回去平叛。
可是，在清朝平叛的過程中， 那些曾經信誓旦旦要投降清朝的準噶爾貴族們卻集體發動叛亂，導致清軍在一瞬間就陷入到準噶爾軍隊的合圍之中。
在準噶爾軍隊的包圍圈中，包括主帥策楞在內的多名清軍將領陣亡，清軍傷亡極其慘重。
當位于北京的乾隆皇帝聽到戰爭失利的消息之后，
乾隆皇帝感到非常憤怒，他認為反復無常的準噶人根本不值得信任，要想真正保證西北地區的穩定，就必須將準噶爾人清剿完畢。
因而乾隆下了這樣的批示：
「厄魯特人（準噶爾人）等反復無常，實為覆載所不容」、「此等賊人，斷不可稍示股息。惟老幼贏弱之人，或可酌量存留另等安插。」
不僅如此，為了能夠更好的執行自己的方略，乾隆皇帝便命令與準噶爾有仇的 兆恵和 成袞扎布擔任征討準噶爾的兩路大軍將領。
兆恵
在這兩個人的率領下，清軍懷著復仇的心理一路勢如破竹，很快就殺穿了整個準噶爾汗國。
而在清軍的強大攻勢以及血腥的手段下，大量的準噶爾人慘死，一部分則外逃進入沙俄以及哈薩克汗國境內，這其中就包括了阿睦爾撒納。
但是對于乾隆皇帝和清朝來說，阿睦爾撒納無疑是一個極為重要的任務，只要阿睦爾撒納還活著，那麼那些逃跑掉的準噶爾人就極有可能被他重新整合。
因而清軍必須抓到阿睦爾撒納， 「活要見人，死要見尸。」
在這樣的情況下，清朝通過武力以及外交手段，逼迫沙俄和哈薩克汗國尋找并交出阿睦爾撒納。 最終，沙俄方面向清朝交出了阿睦爾撒納的遺體。
最終，經過長達七十多年的戰爭，清朝最終完全消滅了準噶爾這個勁敵，并收復了上百萬平方公里的國土。
清朝通過平定準噶爾，不僅一舉解決了準噶爾汗國這個侵擾清朝多年的西北強敵，還在此之后平定大小和卓叛亂。
盡管清朝在這些戰斗中的做法在歷史上有很大的爭議，但是在清朝乾隆年間，中原王朝再次完成了對西域的控制，要知道上一次中原王朝控制西域還要追溯到唐朝時期。
因而清朝平定準噶爾的戰爭，對于維護西北地區的穩定，保障國家的統一是非常有幫助的。
《清高宗實錄》
《清史稿》
《平定準噶爾方略》
